C. flavipinnis trưởng thành dài khoảng 8 cm. Thân của C. flavipinnis có màu xanh biển với màu vàng ở đầu, lưng, bụng và ngực, kể cả các vây. Đầu cũng có nhiều vệt đốm màu xanh lam. Rất dễ nhầm lẫn với loài Chrysiptera bleekeri nếu không nhìn kỹ, vì đuôi và vây hậu môn của C. bleekeri có màu xanh lam thay vì vàng như C. flavipinnis[4][5].

Số ngạnh ở vây lưng: 13; Số vây tia mềm ở vây lưng: 14 - 15; Số ngạnh ở vây hậu môn: 2; Số vây tia mềm ở vây hậu môn: 13 - 14; Số vây tia mềm ở vây ngực: 17 - 18[6].

Thức ăn của C. flavipinnis là rong tảo và các loài động vật giáp xác nhỏ. Chúng thường bơi thành các đàn nhỏ hoặc sống đơn độc. Cá đực có tập tính bảo vệ và chăm sóc những quả trứng[3].